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微流控流體控制應(yīng)用套裝
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微流控流體控制應(yīng)用套裝

MERFISH / SEQFISH SEQFISH+ 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究應(yīng)用包



● 靈活的空間轉(zhuǎn)錄組裝置

   精確和可控的MERFISH/seqFISH實(shí)驗(yàn)的完整實(shí)驗(yàn)裝置


● 自動(dòng)化注液

   能同時(shí)控制超過(guò)23個(gè)溶液的流量


● 與顯微鏡同步

   通過(guò)TTL觸發(fā)器和SDK開(kāi)發(fā)包實(shí)現(xiàn)微流體的同步灌注和成像功能


● 高度可重復(fù)性

   穩(wěn)定和自動(dòng)化的流體系統(tǒng),實(shí)現(xiàn)更好的重復(fù)性。


● 節(jié)省時(shí)間和試劑

   使用更少的昂貴試劑,更快的實(shí)驗(yàn)。


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用于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的SEQFISH包

該應(yīng)用包包含ESI操作軟件和OB1壓力真空控制器、微流體分配閥MUX Distribution12等,可以幫助您快速進(jìn)行MERFISH/seqFISH/seqFISH+實(shí)驗(yàn),通過(guò)ESI操作軟件實(shí)現(xiàn)整個(gè)實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)的軟件控制和自動(dòng)化運(yùn)行。


該應(yīng)用包的主要優(yōu)勢(shì):

● 超精確的小體積液體分配的流量控制

● 精確自動(dòng)分配高達(dá)數(shù)十種染料

● 與其他設(shè)備同步如熒光顯微鏡

● 同時(shí)對(duì)不同樣品進(jìn)行成像

● 提高實(shí)驗(yàn)的再現(xiàn)性

● 不同種溶液的快速簡(jiǎn)單的順序注入系統(tǒng)

● 使用靈活的操作軟件實(shí)現(xiàn)測(cè)序和自動(dòng)化實(shí)驗(yàn)

● 通過(guò)并行使用多個(gè)芯片或具有多個(gè)通道的微流控芯片來(lái)擴(kuò)展分析

● Sequence序列器可實(shí)現(xiàn)各個(gè)系統(tǒng)平臺(tái)的溶液的自動(dòng)化運(yùn)行


該應(yīng)用包的主要特點(diǎn)是:

● 降低成本

● 實(shí)用,簡(jiǎn)單方便。

● 靈活多樣

● 適應(yīng)于每個(gè)SeqFISH實(shí)驗(yàn)所需要的液體試劑的數(shù)量

● 允許在微流體尺度上進(jìn)行多重?zé)晒庠浑s交實(shí)驗(yàn),通過(guò)減少所需試劑的體積,大大降低每次實(shí)驗(yàn)的成本。


Elveflow微流體實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)平臺(tái)適合長(zhǎng)時(shí)間的實(shí)驗(yàn),具有出色的穩(wěn)定性,沒(méi)有潛在的有害的壓力峰值風(fēng)險(xiǎn)。此外,空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的SEQFISH包內(nèi)的每個(gè)組件都是可調(diào)配的,以滿足您的實(shí)驗(yàn)室基礎(chǔ)建設(shè)需求和實(shí)驗(yàn)步驟需求。


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為什么使用微流控進(jìn)行熒光原位雜交實(shí)驗(yàn)?

使用微流體技術(shù)是進(jìn)行MERFISH(多重誤差-穩(wěn)健熒光原位雜化)或seqFISH(次序熒光原位雜化)并觀察多個(gè)基因及其空間構(gòu)型的有效方法,因?yàn)椋?/p>


● 允許使用大量的昂貴染料和緩沖液進(jìn)行實(shí)驗(yàn)

● 與生物學(xué)應(yīng)用和顯微鏡觀察完全兼容

● 可實(shí)現(xiàn)一個(gè)自動(dòng)化序列,將溶液注入細(xì)胞,創(chuàng)建一個(gè)特定的實(shí)驗(yàn)裝置;

● Elveflow集成微流體平臺(tái)系統(tǒng),使實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)更加緊湊和易于使用;

● 可以將多個(gè)不同的芯片連接到系統(tǒng)平臺(tái),方便并行觀察不同的樣品;


在此熒光原位雜化系統(tǒng)裝置之前,該應(yīng)用包可以與其他微流體步驟相結(jié)合,例如單細(xì)胞隔離的單細(xì)胞包封[1]。


微流體也可以被應(yīng)用于稱(chēng)為MA-FISH的方法,該方法使用稀釋探針溶液的震蕩流或執(zhí)行條形碼(DBiT - seq)。


泰初科技擁有微流體流動(dòng)控制領(lǐng)域超過(guò)6年的應(yīng)用經(jīng)驗(yàn),可以提供先進(jìn)的流體控制、軟件開(kāi)發(fā)和生物學(xué)領(lǐng)域的專(zhuān)業(yè)知識(shí),是值得信賴(lài)的合作伙伴。


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[1] Mayr U., Serra D., Liberali P. Exploring single cells in space and time during tissue development, homeostasis and regeneration. Development, 2019, 146(12),


應(yīng)用

seqFISH是一種高靈敏的技術(shù),可以準(zhǔn)確的檢測(cè)出單細(xì)胞RNA-seq或免疫染色通常檢測(cè)不到的低拷貝數(shù)基因。此外,在RT-PCR和RNA的測(cè)序中,逆轉(zhuǎn)錄或PCR擴(kuò)增往往會(huì)導(dǎo)致定量偏差。由于seqFISH可以應(yīng)用于任何組織類(lèi)型而無(wú)需預(yù)先選擇基因,因此,其能夠不偏不倚地發(fā)現(xiàn)與某些生物現(xiàn)象相關(guān)的新基因。


● 不同的熒光原位標(biāo)記方法:seq-FISH, MER-FISH, seqFISH+, HCR-FISH

● 蛋白質(zhì)組學(xué)和空間組學(xué)應(yīng)用

● 識(shí)別新的細(xì)胞類(lèi)型

● 基因組組織成像

● 核架構(gòu)圖成像

● 細(xì)胞軌跡分析

● 轉(zhuǎn)錄物和蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞定位

● 配體-受體對(duì)分析

● 用于轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組成像的超過(guò)10,000個(gè)分子

● 細(xì)胞間通訊和信號(hào)研究

● 組織微環(huán)境對(duì)細(xì)胞狀態(tài)變化和發(fā)育軌跡的影響

● 復(fù)雜的多細(xì)胞生物系統(tǒng)分析

● 復(fù)雜生物現(xiàn)象的研究

● 測(cè)量單細(xì)胞在各自空間位置上的表型和基因組狀態(tài)


空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的原理


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seqFISH 能夠精確地原位定量[1]的mRNA水平。SeqFISH 和 MERFISH 使用探針檢測(cè)單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組[1][2][3]。

首先,用一組熒光FISH探針和標(biāo)記染料進(jìn)行原位雜化。然后,使用DNase去除熒光團(tuán),mRNA再次與相同的FISH探針雜化,但使用不同的標(biāo)記染料。幾輪雜化和其他染料允許在單細(xì)胞[4]中對(duì)幾個(gè)基因進(jìn)行條形編碼。


SeqFISH+是改進(jìn)的SeqFISH技術(shù),非常適合細(xì)胞的空間和生物過(guò)程研究。其將seqFISH與共聚焦顯微鏡相結(jié)合,產(chǎn)生超分辨率成像,并在單細(xì)胞[5]中多路復(fù)用10,000個(gè)基因。


多重誤差穩(wěn)健熒光原位雜化(MERFISH)是對(duì)單分子熒光原位雜化(smFISH)的改進(jìn)。該方法大規(guī)模并行并同時(shí)在空間上識(shí)別數(shù)十萬(wàn)中RNA。此外,由于使用了一些未分配的二進(jìn)制條碼,該方法可以檢測(cè)錯(cuò)誤,然后以錯(cuò)誤魯棒性的方式進(jìn)行糾正。這是與seqFISH相比的主要區(qū)別,seqFISH以顏色序列編碼[6]。


微流控芯片技術(shù)平臺(tái)改進(jìn)了seqFISH和MERFISH方法,降低了成本和節(jié)省了實(shí)驗(yàn)時(shí)間,同時(shí)提供了實(shí)驗(yàn)流程的自動(dòng)化運(yùn)行和實(shí)驗(yàn)可再現(xiàn)性[7]。


[1] Shah, Sheel & Lubeck, Eric & Zhou, Wen & Cai, Long. (2016). In Situ Transcription Profiling of Single Cells Reveals Spatial Organization of Cells in the Mouse Hippocampus. Neuron. 92. 342-357.

[2] Raj A, van Oudenaarden A. Nature, nurture, or chance: stochastic gene expression and its consequences. Cell. 2008;135:216–226.

[3] Asp, M., Bergenstråhle, J., Lundeberg, J., Spatially Resolved Transcriptomes—Next Generation Tools for Tissue Exploration. BioEssays 2020, 42, 1900221.

[4] Lubeck, E., Coskun, A., Zhiyentayev, T. et al. Single-cell in situ RNA profiling by sequential hybridization. Nat Methods 11, 360–361 (2014).

[5] Eng, CH.L., Lawson, M., Zhu, Q. et al. Transcriptome-scale super-resolved imaging in tissues by RNA seqFISH+. Nature 568, 235–239 (2019).

[6] Moffitt, J R, and X Zhuang. “RNA Imaging with Multiplexed Error-Robust Fluorescence In Situ Hybridization (MERFISH).” Methods in enzymology vol. 572 (2016): 1-49.

[7] Rodriguez-Mateos, P., Azevedo, N.F., Almeida, C. et al. FISH and chips: a review of microfluidic platforms for FISH analysis. Med Microbiol Immunol 209, 373–391 (2020).


空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)的SEQFISH應(yīng)用包的配置:

● OB1壓力流量控制器

● 流量傳感器MFS(獲得更好的實(shí)驗(yàn)性能,可選用BFS流量計(jì))

● 一個(gè)或兩個(gè)微流體分配閥MUX Distribution12

● 導(dǎo)管和魯爾接頭套裝

● 樣品儲(chǔ)液池,從1.5mL到100mL等

● 微流控芯片(可選,根據(jù)實(shí)驗(yàn)要求而定)

● ESI自動(dòng)化控制軟件

● 使用手冊(cè)




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